建国后，坚持正义，顾全大局。孙佑杰仍在部队继续写稿著书。后来文化大革命，济南军区大院到处是大字报，胡说八道，无中生有。这时孙佑杰认为，自己是共产党员应坚持正义，便写了一张大字报，用毛主席的论述来说明：“批评领导干部要实事求是，这是我们党的光荣传统，只有实事求是、以理服人、诲人不倦，才是正确的态度。”他的大字报上墙后，造反派马上反击，贴出要“怒批孙佑杰黑心黑手黑大字报。”他看见后又大胆地说：“过去在战争年代不怕死，现在我写的大字报说得对，你们反击我更不怕。”他一身正气，挺过来了。在文革后期，孙佑杰由军区报社调到军队任团副政委，派到华东石油学院军宣队，他给全院党员上党课，回忆战争年代党员发挥先锋作用的生动故事。学院还办了书画展，展出自己作品，狠批极左路线，很快使石油学院发扬正气，走上正轨。1975年山东省召开县以上领导干部大会，大学的领导也参加 了，孙佑杰在大会上发言，省领导给了很好评价。济南市领导又请他去介绍经验。大众日报将他写的华东石油学院工人，解放军宣传队以“在党的领导下更好发挥政治作用”为题的长篇报道。在文革中，孙佑杰有一个堂兄孙佑国，因做地下工作成了反革命分子，到省上访找到济南军区报社孙佑杰。他看了申诉书很同情，便找到了杨得志司令员，转给有关部门，结果没有解决。而有人说孙佑杰为反革命哥哥翻案，但他什么也不怕，又访问老哥上百次，起早贪黑以堂兄的历史为背景，写了一本小说，1984年由山东省出版社全文发表后，全国新华书店征订13万册，感动了许多读者。堂兄孙佑国也经有关部门审查给予彻底平反，不少知情的人说：孙佑杰真是一个坚持正义，顾全大局的人。

    离休后，身体健康，余热生辉。孙佑杰离休不休，每天都学习工作达8-10小时，主要做好三件事：一是笔耕不停。他先用一年的时间，写了20万字的《鸭绿江告诉你》一书，人民文学出版社出版，烟台日报连载，著名作家、山东省作家协会主席张炜在参加该书首发仪式上说：这是特殊时期，由特殊作者对广大读者、文学界呈现的一部特别优秀、特别重要的著作。后又荣获山东省精神文明建设“精品工程文学奖”，还被韩国翻译出版，并被邀请访韩，受到国内外读者好评。接着又写了《放歌鸭绿江》、《南征北战奇观》、《坎坷一生成功路》等著作11本，约200多万字。孙佑杰为了关心下一代，还把受奖的几部作品自费出版了2万多册，无偿赠给了青少年读者。二是，宣讲不停。他是烟台市老干部宣讲团成员，由烟台关工委，烟台市老干部局、烟台团市委联合主办报告会，经常请孙佑杰到机关、部队、学校、党校宣讲我党我军的光荣传统，宣讲了200多场，听众10万多人，受到听众热烈欢迎。最近威海市文登区又请去宣讲。三是健身不停，他经常学习养生知识，坚持做到了：第一精神好。遇事想得开，天天忙宣讲，越忙越乐，常乐长寿；第二睡得好。每天中午睡半个小时，晚上7个半小时，一天睡八个小时，天天休息好；第三吃的好。每天多吃绿色蔬菜、豆制品、杂粮，少吃油盐肉糖，花样多，好吃不多吃，只吃七、八分饱；第四习惯好。年轻爱吸烟，多时一天吸三盒，后知道吸烟伤身，便决心戒了烟，已有30多年不吸烟，也不喝酒。每天起床和睡前，必按穴位全身按摩，又全身活动，每天保证健身活动半个小时以上，这样他身心都健康，最近到医院查体，108个指标样样合格。2012年他老伴病故了，他不请保姆，不用孩子回家做饭，生活完全自理。笔者访问时，孙老高兴地说：“自己年轻时吃过苦，遭过罪，也患过病，住过院，如今党和政府关爱老人，社会敬老风气好，报社领导关心老人，为我写作和宣讲提供方便，生活关心，常送温暖，孩子真孝顺，我天天有事干，只有乐没有愁，身体真健康，头上还长出黑发，真是返老还童，永葆青春。”